Theo cáo trạng số 543 của Viện Kiểm sát Nhân dân TPHCM, ngày 04/7/2014, Phạm Chí Dũng cùng Nguyễn Tường Thụy và 39 người khác ra tuyên bố thành lập “Hội Nhà báo độc lập Việt Nam” (đến năm 2018 có 72 hội viên tham gia), bầu Ban lãnh đạo gồm 5 thành viên với “Tuyên bố của Hội” là đấu tranh làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam hiện nay.

Sau khi thành lập, Phạm Chí Dũng với vai trò “Chủ tịch” đã chỉ đạo tạo lập trang web “Việt Nam Thời Báo”, quản trị, nhận và duyệt đăng thông tin bài viết của mình, của hội viên và của các cộng tác viên có nội dung chống phá Nhà nước Việt Nam và tuyên truyền về hoạt động của “Hội Nhà báo độc lập Việt Nam”, qua đó, lôi kéo, phát triển hội viên trong và ngoài nước vào hoạt động này.

Phạm Chí Dũng sử dụng nhiều bút danh khác nhau để viết, đăng tải 1.530 tin, bài trên trang “Việt Nam Thời Báo” có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ bang chính quyền nhân dân; bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam nhằm chống phá Nhà nước XHCN Việt Nam.

Nguyễn Tường Thụy với vai trò “Phó Chủ tịch” của “Hội Nhà báo độc lập Việt Nam”, phụ trách “Chi hội miền Bắc” đã sử dụng nhiều bút danh để đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, vi phạm pháp luật.

Lê Hữu Minh Tuấn là thành viên của “Hội Nhà báo độc lập Việt Nam”, đã sử dụng nhiều bút danh để đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, vi phạm pháp luật.

Cáo trạng cũng nêu rõ, Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy, Lê Hữu Minh Tuấn thường xuyên tiếp xúc với các đối tượng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước, có tư tưởng bất mãn với chính quyền. Đồng thời có quá trình hoạt động chống phá Nhà nước thời gian dài, thường xuyên đăng tải bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước.

Được sự phê chuẩn của Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM, ngày 18/11/2019, Cơ quan an ninh điều tra ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Phạm Chí Dũng vào ngày 21/11/2019; Nguyễn Tường Thụy vào ngày 23/5/2020; Lê Hữu Minh Tuấn vào ngày 12/6/2020 để tiến hành điều tra về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam”.

Tiếp đó, ngày 15/10/2020, Cơ quan ANĐT đã kết luận điều tra và chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát đề nghị truy tố đối với 03 bị can Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam” quy định tại Điều 117 Bộ luật hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.

Qua đấu tranh tại tòa cùng các chứng cứ cơ quan tiến hành tố tụng thu thập, Hội đồng xét xử sơ thẩm đủ căn cứ xác định 3 bị cáo trên có hành vi phạm tội đặc biệt nghiêm trọng. Trong vụ án, bị cáo Dũng đóng vai trò cốt cán khi lãnh đạo, chỉ đạo những người khác suốt quá trình phạm tội. 

Chủ tọa phiên tòa nhấn mạnh, 3 bị cáo phạm tội có tổ chức, phạm tội nhiều lần. Đây là hành vi đặc biệt nguy hiểm cho xã hội, nếu không được ngăn chặn kịp thời sẽ gây phương hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội, hành vi này đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, làm xói mòn lòng tin của Nhân dân đối với Đảng, Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng, gây chia rẽ mối đoàn kết trong nội bộ Đảng và Nhà nước, cần phải bị xử lý nghiêm mới có tác dụng giáo dục, răn đe phòng ngừa chung.

Trên cơ sở các tình tiết vụ án, động cơ, ý thức, mức độ và tính chất hành vi cũng như các tình tiết giảm nhẹ cho các bị cáo và sự khoan hồng của pháp luật Việt Nam, Hội đồng xét xử tuyên phạt Phạm Chí Dũng 15 năm tù giam về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam”.

Cùng tội danh trên, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn bị tuyên phạt mỗi bị cáo 11 năm tù giam .

Bên cạnh đó, cả 3 bị cáo đều bị quản chế tại nơi cư trú trong thời hạn 03 năm kể từ ngày chấp hành xong mức phạt tù. Đồng thời, truy nộp các khoản tiền thù lao, nhuận bút đã nhận từ hoạt động vi phạm pháp luật; các vật chứng liên quan đến vụ án được tịch thu, xung quỹ Nhà nước.