Do ảnh hưởng của dịch bệnh Covid 19, đặc biệt việc giãn cách xã hội từ làn sóng dịch lan rộng thứ 4, thực hiện công tác chống dịch theo Chỉ thị 15, rồi đến Chỉ thị 16. Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn và cơ quan Hải quan đã chủ động triển khai ngay các phương án điều hành sản xuất linh hoạt, hiệu quả và phối hợp rất chặt chẽ với các lực lượng phòng chống dịch của địa phương để triển khai nhịp nhàng các phương án phòng chống dịch, nhất là kế hoạch tiêm vắc xin trên diện rộng cho người lao động, công nhân, công chức hải quan, hãng tàu làm việc thường xuyên tại cảng. Nhờ vậy, đến nay, hoạt động sản xuất kinh doanh tại 2 cảng biển vẫn đảm bảo thông suốt, an toàn.
Tuy nhiên, theo Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn, sau 3 tuần thực hiện giãn cách theo Chỉ thị 16, sản lượng container xuất nhập tàu, sản lượng conatiner giao nhận bãi, số lượt xe ra, vào cảng giao nhận container liên tục giảm so với cùng kỳ khi chưa giãn cách, kéo theo dung lượng tồn bãi cảng Cát Lái tăng cao.
Nhiều doanh nghiệp không hoạt động sản xuất được và đã tạm dừng hoạt động do không thể thực hiện được 3 tại chỗ theo quy định của ủy ban Nhân dân một số tỉnh, thành phố phía Nam như Đồng Nai, Bình Dương, TP. Hồ Chí Minh....dẫn đến tình trạng hàng hóa tồn đọng tại một số cảng biển. Việc lưu thông hàng hóa tại cảng Cát Lái giảm mạnh, khiến lượng hàng tồn tại cảng này tăng cao.
Trước tình hình đó, Cục Hải quan TP.HCM chủ động kiến nghị Tổng cục Hải quan triển khai thực hiện một số giải pháp. Trong đó, đề xuất Tổng cục Hải quan cho phép Tổng Công ty Tân Cảng Sài Gòn được vận chuyển hàng tồn đọng quá 90 ngày từ cảng Cát Lái về cảng Tân Cảng Hiệp Phước để lưu giữ và chờ làm thủ tục để giảm tải cho cảng Cát Lái.
Bên cạnh đó, cho phép Tổng Công ty Tân Cảng Sài Gòn thuê các cảng thuộc địa bàn của Thành phố Hồ Chí Minh (cảng SP-ITC, cảng Vict, cảng Lotus, cảng Tân Thuận...) để lưu giữ hàng hóa nhằm giảm tải cho cảng Cát Lái trong thời gian dịch bệnh Covid phức tạp tại Khu vực phía nam. Đồng thời, được lưu giữ tạm thời hàng hóa nhập khẩu tại cảng dỡ hàng là Cảng Cái Mép để chờ làm thủ tục vận chuyển độc lập về cảng đích là Cảng Cát Lái mà không xử phạt vi phạm hành chính quá thời hạn làm thủ tục hải quan khi doanh nghiệp đãng ký tờ khai.
Cục Hải quan TP.HCM đã triển khai quán triệt ngay đến tập thể Lãnh đạo, cán bộ công chức thực hiện thủ tục hải quan 24/7 tại cảng Cát Lái, bảo đảm hàng hoá được làm thủ tục thông quan cả ngày lẫn đêm.
Trước mắt, Cục Hải quan TP.HCM cũng đã chủ trì thống nhất với các cơ quan chuyên ngành cho phép doanh nghiệp nộp bản chứng thư scan bằng đường điện tử trong thời gian áp dụng Chỉ thị 16 và bổ sung bản gốc sau để hạn chế người đến cảng làm thủ tục.