Trung tâm được đặt tại Văn phòng UBND TPHCM, địa chỉ số 86 Lê Thánh Tôn, phường Bến Nghé, quận 1 gồm 30 thành viên. Trong đó, Phó Chủ tịch UBND TP Dương Anh Đức được phân công làm Trưởng Trung tâm; Phó Giám đốc Sở Y tế Nguyễn Hoài Nam làm Phó Trung tâm Thường trực và Giám đốc Sở Nội vụ Huỳnh Thanh Nhân làm Phó Trung tâm. Lãnh đạo một số sở, ngành, đoàn thể và Chủ tịch UBND các quận - huyện, TP Thủ Đức làm thành viên.
Trung tâm Điều phối tổ chức tiêm vắc xin phòng COVID-19 có nhiệm vụ tham mưu, giúp Ban chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 TP thực hiện điều phối, kiểm tra, giám sát công tác tổ chức tiêm vắc xin trên địa bàn TPHCM.
Tại Quyết định này, Ban chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 TPHCM cũng thành lập Tổ giúp việc cho Trung tâm Điều phối gồm 07 thành viên.
Đồng thời, giao Chủ tịch UBND TP Thủ Đức và các quận – huyện thành lập Tổ điều phối tổ chức tiêm vắc xin phòng COVID-19 trên địa bàn phụ trách để phối hợp với Trung tâm Điều phối của TP.